Por mi experiencia, los iframe en buscadores estan algo descontrolados, ya que usan la logica pura, una pagina con 5 iframe para el buscador son 5 paginas distintas, ahora bien, por lo que los buscadores podran darte esto, lee el ejemplo:
Imagina que tenemos una web, con 5 iframes, cabecera, lateral izq., lateral der, pie y cuerpo, unido por un index que llama a todas esos iframes y todo ese conjunto es tu web, los buscadores indexan el index y ademas los 5 <iframes> cada una de las paginas que la componen, cuando un usuario busque y encuentre tu pagina se encontrara 6 resultados, de los cuales 1 tendra sentido (index, que es el conjunto de todas) pero habra 5 mas que se abriran independientemente dejando blancos y vacios, ademas de muchas dudas al usuario sobre la procedencia y la fiabilidad de esa pagina.
Mi opinion es que intentes no usar iframes, y por supuesto no se te ocurra usar marcos, porque ocurre lo mismo. Intenta maquetar la pagina en una sola pieza, con <Div> y dentro de cada div, haz la programacion correspondiente.
Saludos, Jose