Gracias por la ayuda CarolJohana, aunque no me ha sido de demasiada ayuda, además, todo lo de cargar la librería lo obvié para que el ejemplo fuera claro.
He encontrado la solución:
archivo1.php:
<head>
<script src='jquery.js'></script>
<script>
$(document).ready(function(){
$('#link1').click(function(){
$('#destino').load('archivo2.php')
});
});
</script>
<body>
<a id='link1'>Link1</a>
<div id='destino'></div>
<div id='popup'></div>
</body>
archivo2.php:
<script>
$('#link2').click(function(){
$('#popup').load('archivo3.php');
});
</script>
<body>
<a id='link2'>Link 2</a>
</body>
En el archivo2.php no hace falta el $(document).ready(), solo con poner el JQuery ya funciona y se pueden usar los selectores del archivo1.php
Espero que sea de ayuda este post.