Es muy probable (no enconrté documentación al respecto todavía) que Appserv y el resto de las aplicaciones integradas engan puesto por default el motor MyISAM por ser orientadas a diseño de web, ya que las tablas InnoDB son muy usuales en ese entorno. En cambio, el MySQL desde mysql.com tiene activado el InnoDB por default.
De todos modos, AppServ tiene la opción para activarlo en su instalador.
¿Qué fue lo que le pusiste en la opción de InnoDB?:
Descargar versiones de MySQL 5.0.x:
http://downloads.mysql.com/archives.php?p=mysql-5.0