El plugin de flash es una más de las cosas que Adobe solamente sabe hacer si las hace mucho más pesadas y molestas de lo que debería (otro ejemplo es el Adobe Reader).
En cuanto al uso, siempre dependerá del sitio. Si el sitio de por sí tiene un gran contenido en video, audio e interacción, quizás Flash sea adecuado (los sitios de películas o juegos se me vienen a la mente, el de Diablo III en particular porque lo revisé hace poco
), simplemente porque se busca interacción y se apunta a un tipo de usuario que no busca realmente leer en el sitio o buscar algo puntual e irse.
Si lo que interesa es el contenido, flash no hace sino ponerse en medio. Si quiero leer, no me interesa que haya cosas moviéndose, o animaciones al cambiar el contenido, ni naa: quiero texto lo más puro posible.
Algunas opiniones con fundamento
http://www.useit.com/alertbox/20001029.html http://www.usability.com.au/resources/flash.cfm http://www.nngroup.com/reports/accessibility/flash/