Me parece que el error esta en el segundo query
Código PHP:
#inicio
$allyid=mysql_query("SELECT id FROM ugml_alliance WHERE ally_owner='".$user['id']."' ");
$consultaallyid=mysql_fetch_array($allyid);
$allyid2=$consultaallyid['id'];
$puntfleet=mysql_query("SELECT SUM(fleet_total) as suma FROM ugml_users WHERE ally_id='".$allyid2."' ");
$consultaft=mysql_fetch_array($puntfleet);
mysql_query("UPDATE ugml_alliance SET ally_points='".$consultaft['suma']."' WHERE id ='".$allyid2."' ");
#fin
espero que te sirva.. )