Hola:
Fíjate que el sistema es "accesible"... o sea que debe funcionar si no se tiene javascript... así que entre otras cosas si hay alguna capa oculta desde el principio, teóricamente no se podría ver nunca, así que deben estar visibles y ocultarlas con javascript al principio... bueno, lo de los estilos, no es otra cosa que procurar un aspecto adecuado... pues, si tienes más dudas... ya que tienes intención de aprender, suéltalas cuando las tengas.
Saludos