Actualizar Vectores con el .set()

[culevras]

Hola tengo el siguiente problema:
Cuando actualizo una serie de vectores de la siguiente forma me funciona bien:

for(int i=0;i<3;i++)
{
individuos.set(individuosPeores[i],mejoresIndividuos.get(i));
bins.set(individuosPeores[i],mejoresBins.get(i));
individuosSpaces.set(individuosPeores[i], individuosMejoresSpaces.get(i));
}

Lo unico que hago en estas lineas es coger 3 elementos de los Vectores (IndividuosPeores[]) y sustituirlos por otros 3 elementos. Esto lo hace correctamente. El problema es que en futuras iteraciones al modificar el valor de cualquiera de estos 3 elementos se modifica el valor de los 3 al mismo tiempo, como si se hubiera realizado una copia de los 3 que cuando se modifica algo de cualquiera de ellos sucede lo mismo en los 3.

No se si me he explicado correctamente, si alguien me puede ayudar se lo agradeceria.