Yo siempre he hecho una hoja de estilos para ie (versión 6 y anteriores, además de algún javascript para estas mismas versiones) y la "normal" para todos los demás navegadores, y nunca me a dado problemas, eso sí manejo un código validado y empiezo a maquetar en firefox. Si no comprendes mucho de CSS terminas haciendo el doble de lineas y pasas cosas como esta, quizá ese es el problema.
Saludos
