Ahhhh perfecto!!!
MUCHAS GRACIAS GATORV !!!!!!
Para que quede en el Post:
para desactivar el layout, colocar dentro del JavascriptController:
$this->_helper->layout->disableLayout();
ademas agregue en la línea que se invoca a nuestro script java, $baseUrl:
<script type="text/javascript" src="<?php echo $this->baseUrl?>/javascript/code"></script>