Para recortar alguna imagen hay varias formas, lo importante es hacerlo bién. Para que el fondo sea transparente la imagen debe estar en una capa, si tu imagen a recortar es un background dale doble click y se convertira automáticamente en capa 0.
Después de esó te pongó un ejemplo de recortar la imagen por medio de una mascara.
Espero lo entiendas y si no es así, practica o apoyate en la ayuda del programa.
