No entiendo muy bien tu pregunta, sólo tienes que recorrer el array y llamar a la función:
   
Código PHP:
Ver original- foreach ($_FILES['imagenes']['tmp_name'] as $key => $value) { 
-     $file_nombre_temp = $value; 
-     $file_nombre_archivo = $_FILES['imagenes']['name'][$key]; 
-     $file_size_archivo = $_FILES['imagenes']['size'][$key]; 
-     // Llamar función 
- }