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Iniciado por AztekaMX 
entonces tengo un script en el index... o mejor dicho en
var/www/html/server.php
que se vera normalmente con la IP
http://IP/server.php En una ambiente normal, si ejecutas scripts desde el navegador es Apache quien laza el proceso, estás accediendo al intérprete de PHP desde Apache.
En el archivo de configuración de Apache (httpd.conf) se especifica el usuario y grupo con el que se ejecuta el proceso, este no debe ser root (con obvias razones; sería una pésima idea), por ello no tienes acceso a archivos, porque "no le pertenecen a Apache".
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Iniciado por AztekaMX pero el problema es que los usuarios podrian acceder ahi y robar respaldos que no les pertenecen... una ves trabaje en un servidor dedicado... en donde cualquier archivo root "PHP" podria optener informacion de otros usuarios aun teniendo permisos 700..
... no alcanzo a entender qué tienes en mente.
Primero, todo archivo pertenece a un usuario y a un grupo. Pueden que sí tengan permisos 700, pero el propietario --según te estoy entendiendo-- es root. En ningún momento estás diferenciando a qué usuario pertenece el archivo, ni entiendo por qué tendrían que acceder a ese script. Pareciera lo que necesitas es un sistema de restricción de acceso en tu script PHP ... no sé, solo entiendo que ningún archivo le pertenece a "los usuarios", el propietario es el mismo: root.
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Iniciado por AztekaMX Bueno espero que me puedan ayudar simplementer quiero que root pueda acceder a esa carpeta aun estando en 700 y que los demas usuarios NO
Para ello, ejecutando desde el navegador, tendrías que ejecutar Apache con permiso de root; pésima idea.