Hola,
Cita:
Iniciado por giroco 
... cuando abro la opcion para asignar la clase principal al proyecto no me muestra ninguna clase ...
Posiblemente ...
revisa las propiedades del proyecto y revisa la clase principal.
En la ventana 'Proyectos' selecciona el proyecto que estas trabajando, selecciona Archivo -> Propiedades, busca la categoría 'Ejecutar', presiona el botón 'Examinar' que está al lado de la caja de texto 'Main Class', se debe abrir una ventana para 'Examinar las clases principales', y selecciona JApplicatio....NewJFrame, presiona Aceptar y Aceptar.
Aún cuando borré la parte (target) de 'EXECUTION SECTION' y le agregue un par de errores al 'build-impl.xml', NetBeans lo volvío a crear inmediatamente al configurar el 'Main Class' y ejecutar la aplicación, y era lo minimo que esperaba de NetBeans.
Eso sucede porque NetBeans te creo un archivo Main.java y lo borraste y querías ejecutar el NewJFrame.java, pero tienes que actualizar manualmente las propiedades del proyecto y seleccionarlo específicamente.
Aun así es existe la probabilidad que sea otro tipo de problema, así que también puedes probar a seleccionar el 'NewJFrame.java' en la ventana 'Proyectos' y presionar Shift+F6 o seleccionar en el menú 'Ejecutar' -> 'Ejecutar archivo'.
Pero estoy casi seguro que corrigiendo la clase principal se va a ejecutar sin problemas.
Saludos,