en javascript, las variables globales tienen un tiempo de vida. estas perduran hasta cuando el navegador descarte el documento. la unica forma que se me ocurre es a traves de cookies.
quirksmode tiene un material donde se discuten las cookies, en adicion de varias funciones para manejarlos. basicamente creas la cookie cuando el usuario escoge el color. luego, en cada carga del documento lees la cookies y le asignas el color escogido.