Hola.
Creo que lo que propones está bien; sólo dejaría algo más de tiempo a webalizer por si algún día tienes un subidón de visitas
Otra idea posible sería hacer que webalizer trabajase sobre el archivo más reciente al que no se escriben logs, de esa manera no te tendrías que preocupar sobre si tarda más o menos tiempo en analizarlo; además evitarías la congestión que se crearía en el archivo de log al que apache está escribiendo y webalizer leyendo por otro lado... No sé cómo renombra los archivos de log rotatelog, pero lo que comento no creo que sea difícil de hacer.
Si tienes alguna duda sobre cron o algo te ayudamos.
Un saludo,