bueno, eso ya no es tema de PHP ...
en si debes poner igualmente otra condición para que en caso de que no sea un archivo, o carpeta ya existente se ejecute dicha regla...
Cita: RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
dicha regla indica ello: que el archivo/ruta solicitado no sea un directorio... (:
aún así te invito a investigar mas del tema, además de
mod_rewrite