Código PHP:
$queEmp.="
SELECT avg(final) as promedio FROM
(
SELECT CONCAT(apellido,' ',nombre) as nombre,
ramos.asig_cor as ramo,
nota1,nota2,nota3,nota4,nota5,
nota6,nota7,nota8,nota9,nota10,
nota11,nota12,nota13,nota14,nota15,
round(coalesce(((COALESCE((nota1),0)+COALESCE((nota2),0)+COALESCE((nota3),0)+COALESCE((nota4),0)+COALESCE((nota5),0)+COALESCE((nota6),0)+COALESCE((nota7),0)+COALESCE((nota8),0)+COALESCE((nota9),0)+COALESCE((nota10),0)+COALESCE((nota11),0)+COALESCE((nota12),0)+COALESCE((nota13),0)+COALESCE((nota14),0)+COALESCE((nota15),0)))/(SELECT COUNT(nota1)+COUNT(nota2)+COUNT(nota3)+COUNT(nota4)+COUNT(nota5)+COUNT(nota6)+COUNT(nota7)+COUNT(nota8)+COUNT(nota9)+COUNT(nota10)+COUNT(nota11)+COUNT(nota12)+COUNT(nota13)+COUNT(nota14)+COUNT(nota15)),0),1) as final
FROM alumnos,".$row_tablas['tabla'].",ramos
WHERE alumnos.alumnoid=".$row_tablas['tabla'].".alumnoid and alumnos.alumnoid='1' and ramos.tabla='".$row_tablas['tabla']."'
GROUP BY alumnos.alumnoid
) AS tabla
";
De ahí sacás el campo promedio.
De todas maneras recomiendo que migres el diseño de tu base de datos a uno normalizado sino te encontraras con este tipo de consultas gigantes.
Saludos,