Gracias por respodner tan pronto. Te explico. El hosting es contratado. Tengo php 4.4.7. Estoy presionando un poco para que me pongan la versión 5. Pensé en lo del os archivos include. He revisado todo lo que he podido ya que hay miles de archivos, pero sobre todo los JS. En la página principal, pro ejemplo, ni siquiera cargo JS, sólo CSS y parece que está limpio. Si tengo ficheros .htaccess cerados por mi ya que tengo una parte de la web segura y lo utilizo para cambiar de puerto y de protocolo. ¿Qué más? Sólo decirte que me tiene de lo más desconcertada el hecho de que cada vez sea en una página distinta y una sola vez, en cuanto pulso F5 la página está limpia de nuevo.
Muchísimas gracias por tu ayuda
