Tengo la sensación que el estilo del troyano-rogue ese es similar al que se describe aquí.
http://www.forosdelweb.com/f66/virus...na-web-773218/
Las técnicas para eliminarlo son similares a las q describo en el mensaje propio. Aunque yo de ti buscaría información específica en google sobre si hay mejores herramientas para eliminarlo.
Además apunto este blog:
http://vtroger.blogspot.com/
Contiene información muy buena sobre seguridad informática y enlaces a numerosas aplicaciones de seguridad. Puedes aprovecharlo para descargar alguna herramienta que te analice los exploits o vulnerabilidades que puedas tener en tu web y así poder corregirlos.
Suerte.