Pues, hasta donde tengo entendido, eso no es ningún "error" de la web ni nada por esl estilo.
El "problema" está en que la web, al estar centrada, siempre se va a centrar en el espacio disponible en el navegador, y al aparecer el "scroll", al reducirse el espacio disponible, pues el contenedor se "reposiciona" automáticamente en el centro.
Una solución podría ser el "forzar" a que se muestre siempre el "scroll" vertical:
Cita: html { overflow: -moz-scrollbars-vertical; }
html { overflow-x: auto; }
O, para tal caso, alinear toda la web a la izquierda.
