que versión de Win98 estas tratando de instalar... lo recomendable seria que uses el Win98SE para que no tengas problemas con los puertos USB, aunque si tu disco duro es SATA
.
recuerdo que al instalar el Win98 podías pasarle algunos parámetros tipo...
c:\>install/is
agregándole /is se evitaba que haga la comprobación del chkdsk, lo que no recuerdo es si había alguno para saltar el plug and play.