Código PHP:
$sql = "UPDATE activo INNER JOIN
(SELECT t1.id_articulo, t1.id_requisicion, t1.unidad, t1.descripcion, t1.cantidad FROM
(SELECT id_articulo, id_requisicion, unidad, descripcion, cantidad FROM `facturas2`
ORDER BY id_requisicion DESC)t1
GROUP BY t1.id_articulo, t1.id_requisicion, t1.descripcion)t2 ON activo.descripcion = t2.descripcion
SET activo.cantidad = activo.cantidad - t2.cantidad";
if(mysql_query($sql)) {
echo "Update exitoso";
} else {
echo "Error al actualizar";
}
Seria algo asi.