Cerrar un pop up con un Batch

[emstro]

Hola a todos como estan.......

Tengo un problema desde hace 1 semana y no lo e podido resolver y como ultimo recurso lo voy a exponer aqui:

Estoy automatizando un conjunto de aplicaciones para un proyecto, y tengo un programa que al terminar su ejecución me envia un pop up diciendome que el proceso termino y solamente si se cierra ese pop up me genera el resultado en *.txt,
entonces nececito cerrar ese pop up pero solamente con un codigo batch y no lo e podido lograr.

De antemano muchas gracias.