mira, declaras las zonas en un xml del template:
Código:
<positions>
<position>hornav</position>
<position>breadcrumbs</position>
<position>banner</position>
<position>left</position>
<position>right</position>
<position>top</position>
<position>user1</position>
<position>user2</position>
<position>user3</position>
<position>user4</position>
<position>user5</position>
<position>footer</position>
<position>syndicate</position>
<position>debug</position>
</positions>
para que el portal de administracion sepa cuales seleccionar,
las colocas en tu index.php de tu template así el index.php del template es tu "plantilla", no tiene mas misterio, es ahi donde tendras tus divs i tal declarando estilos.
Código:
<?php if ($this->countModules('right')): ?>
<!-- BEGIN: RIGHT COLUMN -->
<div id="ja-col2">
<jdoc:include type="modules" name="right" style="jarounded" />
</div><br />
<!-- END: RIGHT COLUMN -->
<?php endif; ?>
ja-col2 seria donde le aplicarias el estilo de la columna, no sirve para mas que para encerrar la aparicion del modulo.
luego crear modulos es muy parecido, muy sencillo de verdad, bueno todo depende de lo que quieras hacer.