concuerdo con Emirodgar, por mucho que no me guste a mí IE, no creo que sea tan lento como para eso, prueba con otros navegadores, quizás tendrás que optimizar el javascript de tu aplicación y evitar el abuso de AJAX (por ejemplo sacar cuentas desde php si se pueden hacer en el JS local)
intenta usar la versión comprimida de jQuery, es la misma, pero sin tabulaciones, espacios, etc. eso ayuda en el rendimiento del interprete js
PD: tanto en IE, Chrome y Firefox, han tenido algo en común en las últimas versiones: optimizaron el motor JS, por lo que estan preparados para la "nube" que es precisamente el desarrollo de aplicaciones web, muy pronto las aplicaciones comunes (tipo window) podrían desaparecer