Depende de si estás usando threads sincronizados.
Échale un vistazo a esto por si acaso.
http://perseo.cs.buap.mx/~danguer/pr...ual/node5.html
Aunque no me he puesto a fondo con los threads, seguramente, los que están colgados están esperando a que les llegue el mensaje de algún evento que se debe producir, y que por algún motivo no les llega, por eso mismo no hacen caso a otras notificaciones externas (es como pulsar el boton de encendido del pc cuando antes hay que conectar la alimentación).
Deberías ir poco a poco tratando de acotar donde se te produce el problema. Por si te vale te dejo esta guia de debugging.
http://www.digilife.be/quickreferenc...0debugging.pdf