Yo lo hago de la siguiente manera, por un lado obtengo el dia actual, y por el otro, el último día de la base de datos. Luego comparas y haces lo que debas:
Código PHP:
$dia_actual = date("d");
$consulta = mysql_query("SELECT DATE_FORMAT(FECHA,'%d') AS DIA FROM tabla1 WHERE CONDICIONES ORDER BY FECHA DESC LIMIT 0,1";
$ultimo_dia = mysql_result($consulta,0);
if($dia_actual != $ultimo_dia){
//LO QUE SEA
}else{
//LO QUE SEA
}
Espero que te sirva, un abrazo!