Habrá q probar el PHPEdit con esa funcionalidad ...
Lo que es PHPdoc .. tampoco está tan mal .. sobre todo cuando le pillas el trukillo de configuración xDD ...
Por lo demas al ser una aplicación PHP .. si hay algo q modificar (por ejemplo algo de traducción a castellano .. o detallitos así .. ) es facil modificarlo. Tambien trabaja con un sistema de "templates" propios (no se si PHPEdit tambien

)
Ahora recien estaba bajando phpDocumentor:
http://phpdocu.sourceforge.net
A ver q tal es .. tiene buena pinta
Un saludo,