Puedes hacerlo de varias formas.
Con un script interno en el servidor o con un sistema de monitoreo remoto, esta segunda forma es más confiable ya que te alertará de caidas totales como de datacenter o servidor completo, la primera solo te avisará de caidas de servicios.
Un excelente script es monit
http://mmonit.com/monit/ no solo te alertará sino que reiniciará el servicio o ejecutará acciones que desees.
Como servicio de monitoreo uso pingdom
http://www.pingdom.com/ como backup de nuestro propio servidor de monitoreo y estoy muy contento con el servicio.