Te daré una manito: lee los archivos fuera del while, porque no tienes por qué andar leyéndolos siempre. Lo único que tienes que hacer dentro del while es: generar un índice aleatorio para los arrays, comprobar que el elemento correspondiente no haya sido usado, imprimir los resultados que necesites. Tienes además un error sintáctico: en la declaración de arrays, los elementos se separan por comas:
Código PHP:
$arr=array($elemento1, $elemento2, ..., $elementoN);
Prueba rehacer tu código y nos cuentas cómo te queda. ¡Suerte!