El HTML te termina quedando así:
Código HTML:
<td width='40' height='100' align='center' valign='top'><a href='javascript:ventana('altas_i.php?num=3','',600,400,true)'>3</a></td>
Fíjate en el coloreo de sintaxis que haber usado para todo las comillas simples te ha jugado en contra. Lo que debes hacer es usar comillas dobles y simples:
Código HTML:
<td width="40" height="100" align="center" valign="top"><a href="javascript:ventana('altas_i.php?num=3','',600,400,true)'>3</a></td>
Y eso lo logras en PHP escapando las comillas dobles (antecediéndoles el backslash):
Código PHP:
echo "<td width=\"40\" height=\"100\" align=\"center\" valign=\"top\"><a href=\"javascript:ventana('altas_i.php?num=".$row['num']."','',600,400,true)\">".$row['num']."</a></td>";
Siempre revisa cómo te queda el código HTML resultante (una vez que se ejecuta el script PHP). ¡Suerte!