El vídeo no te queda alineado con el reproductor MP3 porque hay un párrafo en blanco antes, por eso queda el espacio. Si lo insertas con el editor de textos de Joomla (normalmente el tinyMCE) comprueba el código HTML que te genera y elimina el párrafo adicional que muestra.
Y para solucionar lo del contenido principal pon estos estilos en la linia 57:
Código:
.thrColLiqHdr #mainContent {
float:right;
margin:0 24% 0 0;
width:53%;