Pueden ser 50 cosas, primero te aconsejaria instalar un par de programas para detectar ciertos troyanos y problemas:
http://www.malwarebytes.org/
Otro para quitar muchos programas de inicio (startup) innecesarios:
http://www.tuneup.es/products/tuneup-utilities/
Otro motivo podria ser calentamiento del procesador, drivers desactualizados de la tarjeta de video..... no se, tampoco soy muy experto en hardware eh xD