Si que se puede, pero debes obtener bien los valores del array $_FILES... incluso en el formulario, puedes usar un nombre terminado en un juego de corchetes para indicarle a php que se trata de un array...
Cuando lo pruebes, pon un chivato (por ejemplo: print_r($_FILES);) para que veas lo que pasa...
<input typr="file" name="archivos[]"...
Saludos
