errores al iniciar sesion y con cookie

[cce]

Estoy trabajando con php y ahora ultimo agregue codigo javascript para abrir una ventana aparte con informacion...venia laburando re bien..hasta que me dejo de andar el inicio de sesion..utilizo session_start(); y onda que no me inicia esta funcion porque no me reconoce ninguna variable de session..lo que hice fue borrar todas las cookis del navegador y ahora me esta funcionando..

Mi consulta es: como evitar este problema a futuro?...o directamente le saco todo el script en java?

Saludos.-