Lo que puedes hacer es algo parecido a lo que decía eperedo, pero así:
1)
Código HTML:
<asp:button id="btn" runat="server" onClientClick="return confirmar();">
2)
Código HTML:
//Ej JS
function confirmar(valor)
{
var respuesta = confirm('Exportar???');
//Siendo "Exporta" un control HiddenField
if (respuesta)
document.getElementById('Exporta') = 'si';
else
document.getElementById('Exporta') = 'no';
//Siendo "Button1" un control Button
var boton = document.getElementById('Button1');
if (boton)
boton.click();
}
3)
Código HTML:
'En el CodeBehind
Protected Sub Button1_Click(ByVal sender As Object, ByVal e As EventArgs) Handles Button1.Click
if Exporta.value = "si" then
'Código para exportar
else
'Mensaje de error o lo que quieras
end if
End Sub
En 1), cuando le das el click al button, vas a 2), que es una función en JS. Básicamente hace el confirm y lo almacena en una variable HiddenField, previamente creada. Una vez hecho esto, se llama a otro botón previamente creado (Button1) y se ejecuta. Este botón va a la función mostrada en 3), donde llamas a la variable HiddenField y de acuerdo al valor, haces lo que necesitas.
Espero que te sirva.
Saludos!!