mira en tu pagina debes escibir la direccion donde tengas la biblioteca un ejemplo es asi
<script src="Libreria/js/jquery-1.3.2.min.js" type="text/javascript"></script>
<script src="Libreria/js/jquery-ui-1.7.2.custom.min.js" type="text/javascript"></script>
tengo una carpeta que se llama libreiara y alli coloco toda la direccion asi te funcionaria respecto a que te abra una ventana emergente
puede colocar asi
<script type="text/javascript">
function nueva_ventana(url, ancho, alto, barra) {
izquierda = (screen.width) ? (screen.width-ancho)/2 : 100
arriba = (screen.height) ? (screen.height-alto)/2 : 100
opciones = 'toolbar=0,location=0,directories=0,status=0,menub ar=0,scrollbars=' + barra + ',resizable=0,width=' + ancho + ',height=' + alto + ',left=' + izquierda + ',top=' + arriba + ''
window.open(url, 'popUp', opciones)
}
</script>
<html>
<li><a href="javascript
:nueva_ventana('mipagina.jsp',990, 590,0)">nueva pagina</a></li>
</html>
espero que te sirva de algo
salu2