Te recomiendo que utilices una pagina principal, en la que llame a la o las hojas de estilos "css" y otra con funciones en javascrip, bueno yo lo solucione de esta forma para la escula en la que trabajo:
Entre los head de tu principal colocas:
<script type="text/javascript" src="funciones_principales.js"></script> y en los enlaces de los menues (listas) colocas por ejemplo:
<li><a href="javascript
:cargarExterno('plan_de_estudios.p hp','contenido');">Plan de Estudio</a></li>
Donde plan_de_estudios.php contiene la info sobre el plan de estudios de la escuela.
Ahora dentro del body de la principal colocas:
<div id="contenido"></div>
y por ultimo creas un nuevo documento tipo ActionScrip, bueno yo utilizo Dreamweaver sino lo mismo en un bloc de notas colocas el siguiente scrip:
var peticion = false;
if (window.XMLHttpRequest) {
peticion = new XMLHttpRequest();
} else if (window.ActiveXObject) {
peticion = new ActiveXObject("Microsoft.XMLHTTP");
}
function cargarExterno(datos,divID) {
if(peticion) {
var obj = document.getElementById(divID);
peticion.open("GET", datos);
peticion.onreadystatechange = function() {
if (peticion.readyState == 4) {
obj.innerHTML = peticion.responseText;
}
}
peticion.send(null);
}
}
y lo guardas con el nombre "funciones_principales.js" que es como lo llamamos desde la pagina principal y listo, haciendo lo mismo con los otros enlaces los demas contenidos los mostrara dentro del div "contenido". En este ej de mi caso muestro el plan de estudio en el cuerpo de la pagina principal. Espero haberte ayudado.