cuando usas optimizadores como phpacelerator y zendoptimizer es que, dependiendo de su configuración, ellos verifican si los archivos de código fuente han sido modificados para volver a generar los "bytecodes" (dependiendo del caso) ya que así es básicamente como optimizan el rendimiento del server: evitando que php interprete de nuevo.
revisa la documentación del zend optimizer, debe tener un comando que permita "regenerar" o reoptimizar el sistema por completo, de nada sirve que subas el archivo de codigo fuente si el acelerador no se percata del cambio
