No debes "meter los datos en un array". El array se arma "solo" si pones todos los checkboxes con el mismo nombre terminado en corchetes ([]):
Código HTML:
<form method="post">
<input type="checkbox" value="1" name="numero[]" />1
<input type="checkbox" value="2" name="numero[]" />2
<input type="checkbox" value="3" name="numero[]" />3
</form>
En PHP tendrás el array
$_POST['numero'], que es a su vez un elemento del array
$_POST. El primero tendrá los elementos según se hayan checkeado:
Código PHP:
var_dump($_POST['numero']);
¿Era esa tu duda o te entendí mal? ¡Suerte!