Seguridad - Paginas vistas y solicitudes desorvitadas

[Toni80]

Algunos dias (no todos) al ver las estadisticas de mi pagina a traves del cpanel, las paginas vistas, solicitudes y trafico suben muchisimo sin coresponderse en nada con las visitas unicas. Al ver las estadisticas en el Analytics de google todo esta normal y no concuerdan los datos.
Por mas que miro todas las estadisticas, no logro ver por donde me viene el problema. Tengo puesto la proteccion de hotlinking, en las estadisticas de cpanel no muestra que ningun robots este en mi web "pasando el rato",...

Con este problema me han surgido bastante preguntas sobre como hacer segura mi web:

¿Como puedo saber desde que ip me puede venir el consumo de recursos y en que archivos y paginas lo hace?¿Como se maneja de forma facil el registro de accesos?¿Que directorios se deben proteger?

En general me vendria bien una explicacion de todos los temas de seguridad imprescindibles.