En comando para correr pones algo tal que asi:
/home/tuusuario/public_html/carpeta/tareas.sh
Lo cual es la ruta de tu ftp hacia ese archivo
tareas.sh, que contiene algo tal que asi:
#!/bin/sh
php /home/tuusuario/public_html/carpeta/script.php >& /home/tuusuario/public_html/carpeta/log-script.txt
De este modo se va a ejecutar
script.php y el texto que se imprima (con echo, print_r, etc) se guarda en
log-script.txt, de este modo podrias por ejemplo hacer un
echo date(); al final de modo que vas a ver el
log-script.txt y miras si se ejecuto correctamente.
Prueba con un script que se ejecute cada minuto, asi pruebas si se crea dicho archivo .txt y va todo bien y ya lo cambias a la frecuencia que decias. Ya nos dices, saludos y buen karma