Cuatro detalles:
1. Es
muy posible que tu problema se radique en la diferencia entre las librerías de PHP para la versión 5.0 de MySQL y la que PHP tiene para MySQL 5.1.26
2. Siempre es conveniente usar
la misma versión para desarrollo que para producción. Esto es: Quita la versión 5.0 que tienes instalada y pon la 5.1.26,porque esa es donde realmente va a trabajar. Sino, no te responderá como lo supones.
No pongas la 6.0. Es una versión alfa y no se continuó (completo trash).
3. Tu problema no parece ser de MySQL, sino de PHP.
Hay documentación en la web que indica que la versión 5.1.26 tiene conflictos con ciertas versiones de PHP. Y en todo caso, de dos modos es una versión vieja (más de 2 años), por lo que sin duda contiene bugs.
4. Como dije, el asunto parece tener que ver más con PHP que con MySQL, entre otras cosas porque no son las consultas lo que te fallan, sino la
conexión, y la conexión
es dominio del PHP. Postea tu duda en el
Foro de PHP, donde seguro encontrarás mejores y más rápidas respuestas. Aquí las reglas del foro no permiten poner código de programación. Sólo SQL.