Hola feliz dia!!!
Lo q tienes q hacer es configurar bien tu servidor APACHE para que tenga la ruta adecuada a donde vas a colocar la info, por lo q dices seria un nivel menor a donde estas direccionando t recomiendo
http://www.forat.info/2008/03/05/com...-linux-debian/ t explica muy detallado facil de entender!!!
Suerte... saludos...