lo q yo hago con mis js es algo asi
por un lado creo mis librerias / funciones y las cargo en un archivo separado
/*dentro del controllador*/
$this->view->headScript()->appendFile('miarchivo.js');
y luego en los procesos del controllador voy agregando las salidas q necesite, como registro de variables o llamada a funciones
/*dentro del contorllador*/
$this->view->headScript()->appendScript('var algo = 1; ejecutarApp();');
y luego imprimo todo sobre el final del layout
/*en el layout o en su defecto, en el view*/
<?php echo $this->headScript();?>
</body>
</html>
cuestiones por defecto, tipo la carga de jquery si lo ovy a utilizar a lo largo de todo el sitio lo meto en el bootstrap
saludos y espero sirva la ayuda
