Holas Cryptorius,
Yo lo que hago es esto:
Código PHP:
$texto = '
<?php $a + $b = $cs ;echo \'hola\'; ?>
';
// aca las instrucciones MySQL
//cuando queres sacar los valores:
$texto = html_entity_decode($texto);
$texto = stripslashes($texto);
Lo que hago es quitar todo los caracteres que pueden causar problemas con html_entities y addslashes, antes de usarlo los quito.
A mi me funciona perfecto creando paginas automaticas.
Saludos y suerte!