Buenas, lamento venir con la solucion un poco tarde, pero es muy simple:
Código Javascript
:
Ver originaldocument.getElementById('input-body').value = document.getElementById('input-body').value.replace('<span id="spanID">jaja no me borras</span>','');
Tambien puedes eliminarlo sin importar el contenido con el uso de expresiones regulares.
Espero que te haya servido, saludos.