lo que sucede es que
time() siempre es la fecha actual...
y bueno, si comparas algún dato anterior siempre será menor a la fecha actual...
a mi me suena bastante lógico... lo único que podrías hacer es hacer una diferencia, osea, restas
time() -
$lastConect y el resultado son los segundos que hay entre ambas fechas...
así de sencillo... (: