Gracias, me ahorraste mucho tiempo :)
Al final no quedo como quería pero al menos funciona:
Código HTML:
<textarea cols="20" rows="5" id="input-body" >
<p>HolaMundo</p>
<p>Bla bla bla </p>
</textarea>
<input type="button" value="Borra" onclick="borraSpan()"/>
<script>
var contenido = document.getElementById("input-body");
var original = contenido.value;
contenido.value = contenido.value+"<span id='spanID'>jaja no me borras</span>";
function borraSpan(){
contenido.value = original;
}
</script>
Lo que sucede es que este textarea es de esos esiditores 'lo que vez es lo que escribes' o WSJSHKSJS.... bueno eso.
Saludos