agregar codigo jquery a bodyonload como ?

[mayid]

Nope. No podes poner html dentro de la etiqueta script:

echo "
<script type='text/javascript'>

$(document).ready(function() {


$('.example3demo').popupWindow({ centerScreen:1 });
});

</script>

<A class=example3demo href='impresion_instrumentos_pdf.php' jQuery1263584419750='5'>PDF</A>
";

Che, tenes un editor que te escribe los tags en mayusculas? Eso en el html esta ok, pero si cambias a xhtml ya no.

Ah! Hay que agregar comillas a los atributos class! ("example3demo")